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　　战国时代和幕府时代曾经盛极一时的日本忍者，因为战败而强迫解散组织，似乎从历史中消失。然而事实上，多达20万人的忍者至今依旧暗中存在，秘密监视着过敏。貌不惊人的云隐九郎（坂泰斗 配音）每天半死不活待在家里，看起来就是一个纯纯的废柴，其实他是一个身怀绝技的忍者。某天，冒充成快递员的上级找上门来，派他前往某高中与死对头的忍者部队作战。沉寂太久的云隐总算被组织唤醒了，但是这个任务并不是结束，反而是一系...

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　　本作是为了纪念在1996年起开始的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。　　在跨越无数的试练后，武藤游戏与身体内的另一人格“暗游戏”进行最终决战并获胜，在作出正式诀别后踏上各自的旅途。　　在经历一段时间后，游戏等人重新回归平凡的生活。然而，一名自称蓝神的神秘少年却出现在他们的眼前。另一方面，将暗游戏视为劲敌的海马濑人，在暗游戏消失的地方发掘“千年积木”并打算将其重新完成，试图再度复活...